由于子宫内膜异位症的病因尚未研究清楚，所以是无法完全预防的。根据目前推测的一些病因，可从以下几方面进行预防：

1、防止经血逆流：

及时发现并治疗引起经血逆流的疾病，如先天性生殖道畸形、狭窄、闭锁和继发性宫颈粘连、阴道狭窄等。

2、防止医源性异位内膜种植：

月经期避免性交及不必要的妇科检查；尽量避免多次的宫腔手术操作，术时动作要轻柔；输卵管通水、宫颈手术等应在月经干净后3～7日进行；人工流产应避免造成宫颈损伤、宫颈粘连；术中需切开子宫时，注意保护好腹壁切口。

3、药物避孕：

口服药物避孕者子宫内膜异位症发病风险降低，与避孕药抑制排卵、促使子宫内膜萎缩等有关。因此对有子宫内膜异位症家族史者，可选择口服避孕药物来避孕兼顾降低子宫内膜异位症的风险。