囊胚移植较卵裂期胚胎移植，在临床方面优势更大。自然状态下受精卵是在输卵管腔内发育至桑葚胚，即早期囊胚后进入宫腔。胚胎过早进入宫腔，会导致与子宫内膜的种植窗不同步，从而影响胚胎着床。

由于染色体异常的胚胎无法发育至囊胚期，延长囊胚培养，可使部分染色体异常且质量差的胚胎在体外自然淘汰，进而选择出生存能力强、质量好的囊胚。这种自然选择，使具有更大发育潜能的胚胎存活下来。囊胚移植的实施时间处于黄体中期，此时，女性的生殖道宫颈黏液减少，十分利于移植的操作，子宫的收缩也明显减少，减少了胚胎被排出体外的机会。目前发现单囊胚移植的结局比单囊胚移植更有优势，而且可以大大减少多胎妊娠率、流产率及异位妊娠的发生率，而且获得活胎分娩的机会更大。