试管婴儿与自然妊娠一样，发生畸形的概率是很低的，当然也并不是百分之百。试管婴儿除了早期体外受精和胚胎培养，到后期的母体移植，除了这些步骤之外，其他所有的过程都与自然妊娠是一样的。

试管婴儿移植后验孕成功的女性要特别注意营养均衡，如果营养不良，可能会造成胎儿的发育不良，有甚者还会造成孕妇的抵抗力下降，容易发生感染，甚至会致畸。

有部分胎儿畸形的发生率与妊娠早期的不良刺激有关系，比如物理、化学、药物刺激等等，都是可能会发生的原因。当试管婴儿怀上以后，孕妇如果生病，要到正规的医院去看病，不要乱用药物，避免造成胎儿畸形。